A kerek talpú pajzs kék mezejében, zöld halmon, egymással szembeforduló két természetes színű gólya, csőrükben tekergő aranyszínű kígyóval. A kék mezőben hat ház: három a pajzsfőben, kettő kétoldalt (a gólyák mentén), egy alul, középen (a cölöp mentén).

A zöld halom a Kalocsai Sárköz legmagasabb pontját, a "Halomi högy"-et jelképezi. A község első írásos említése is hozzá kötődik, miszerint 1061-ben I. Béla király a szekszárdi apátságnak adományozta a halomi uradalmat a hegyen épített királyi udvarházzal együtt. Ugyancsak itt találták meg 1936-ban azt a rovás feliratos csontlemezt, mely a honfoglaló magyarság máig egyetlen írásos emléke.

A két gólya és a szájukban tekergő kígyó az Őrjeg madárvilágának és a szállások között kanyargó dunai ártér élővilágának, tehát a község természeti környezetének a jelképe. Ugyanakkor a két gólya jelképezi a Kalocsával való 700 éves közös múltat - a kalocsai címer jelképei közül átmentve a két gólya -, valamint a homokmégyiek kalocsai eredetét.

A címerpajzsban szétszórtan ábrázolt hat ház a település szerkezetének jelképe. A déli kalocsai szállások közül hat lakott, különálló település található Homokmégy közigazgatási határán belül, nevezetesen: Homokmégy, Alsómégy, Hillye, Halom, Kiskecskemégy és Mácsai szállás.