Kistokaj régi címere egy 1784-ben kelt bizonyosságlevélen maradt fenn pecsétlenyomatként. A Borsod Megyei Levéltár igazgatója, dr. Csorba Csabának és munkatársai kutatásaikért érdemelnek köszönetet, mely során Tóth Péter tudományos főmunkatárs felkutatta a település címerét, Balsai Jolán restaurátor pedig megtervezte és újjárajzolta.

A csücskös talpú pajzs kék mezejében ezüstszínű pelikán zöld halmon áll, fölötte aranykorona lebeg. A pelikán (gödény) egyik fajtája a rózsás gödény, mely halevő, költöző madár, egykor tömegesen fordult elő hazánkban. A múlt században még költött nálunk, ma már ritka madár. Népies neve patona vagy batona, számos helységnevünkben fennmaradt, pl.: Lovászpatona, Battonya, Rábapatona.

A természettudomány területéről mondai értelmezés síkjára térve középkori forrásokhoz nyúlhatunk vissza. 'A pelikán nagyon szereti kicsinyeit. Amikor fiai valamelyest felcseperednek, arcul ütik szüleiket. A szülők megfenyítik és megölik őket. Harmadnapra anyjuk feltépi oldalát, s a kicsinyek élettelen testére csepegő vére feltámasztja őket.' Ézsiás könyvében olvashatjuk az Úr szavait: 'Fiakat neveltem, s méltóságra emeltem, s ők elpártolának tőlem.' Az életet adót arcul ütötte az ember; a teremtett dolgot tisztelvén a teremtő helyett – írja a Zsámboki kódex. A fiaiért vérét áldozó pelikán, aki 'önmagát oldalán vagy mellén felsebzi, és saját vérével fellocsolja' magzatait; saját vérével táplálja fiókáit: bibliai jelkép. Jézus Krisztus, a mi üdvözítőnk felnyitotta oldalát, és vért meg vizet csepegtetett üdvözlésünkre és az örök életre. Miskolczi Gáspár (XVII. sz.) református lelkész a következőket írja a pelikánról morális hangsúllyal: 'Lelki pelikán Jézus Krisztus, az emberek mind egyig örök halállal haltak volna meg, ha Krisztus őket a maga tulajdon vérével meg nem gyógyította volna. De valaminthogy a Pelikán fiai is különböző természetűek, azonképpen az emberek is.' A korábbi idézetek forrása a Zsámboki kódex, mely a XV. sz. végén vagy a XVI. sz. elején keletkezett. 47 miniatúrája között szerepel egy pelikánábrázolás is, mely hasonló címerünkhöz. Az arany, ezüst tónusú színek jellemzőek a képekre. Az egyik miniatúra sasábrázolása fölött ugyanolyan nyitott korona található, mint a kistokaji pecsétlenyomaton. A XVI. sz. végéig nemzeti címereikben is nyitott korona szerepel, s csak később jelenik a 'Szent Korona', állapították meg a heraldikai szakemberek. A jelenleg használatos új címerben a zöld hármashalmon nyitott, leveles koronán áll a kettőskereszt.