A település címere Kötöny horkát jeleníti meg. A korabeli ábrázolásokon a kunokat a legtöbb esetben lovon ábrázolták hátrafelé nyilazva. (Lásd: Szent László-legenda kun ábrázolásai.). A XVIII. század közepétől kialakult a Kiskunság saját színe: a kék-fehér. (Ennek eredete a korabeli népviseletből és a redemptiós huszárezredek egyenruhájából eredeztethetők.). A címer színvilága ezért kék és ezüst.

A címer jelképei a település történelmi múltját idézik. Harkakötöny község írásokban fennmaradt legkorábbi elnevezése 1493-ból származik: 'Kethenzallasa" alakban. Ez a mai olvasatban Kötönyszállást jelent.

Kötöny, kun 'király" volt az a történelmi személy, aki népét IV. Béla hívására 1240-ben Magyarországra vezette. A tatárok elől menekülő kunokat a magyarság akkor még ellenségként fogadta. Kötönyt Budán 1241-ben meggyilkolták. Emléke azonban tovább élt a Duna-Tisza közén letelepült kun lakosság körében. Erre utal a 'Kötönyszállása' kifejezés is.

A nomád kunok legmagasabb méltóságát saját nyelvükön 'horkának" nevezték. Ennek magyar jelentése: 'fejedelem, uralkodó".

A mai Harkakötöny 1949-ben alakult a közeli Tázlár községnek Harka és Kötöny nevű részeiből, emléket állítva az egykori kun fejedelemnek.

A község színei a címer fő színeiből következnek, azaz: kék, fehér (ezüst). Ez megegyezik az egykori Kiskun Kerület színeivel, ahová Harkakötöny község területe is tartozott. Ebből következően Harkakötöny lobogójának és zászlajának színeként a kék és a fehér szín adott.